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生信分析平台服务器配置租用选择

2022-10-26 11:02  浏览:

生物信息学主要研究方向:DNA/RNA/蛋白质测序,序列比对,基因发现,基因组组装,药物设计,药物发现,蛋白质结构比对和预测,通过使用计算密集型技术(用于模式识别,数据挖掘,机器学习算法和可视化)来加深对生物过程的理解。因此需要配备先进的计算设备和丰富专业的分析软件,这里天下数据将和你分享做生信分析需要的服务器配置,希望对你有帮助~

1、CPU

CPU是计算机的大脑,计算机的计算主要就是靠CPU来完成,所以CPU非常重要,CPU的计算速度决定了计算机的计算能力。也就是水桶效应中最上面的那块木板。比如序列拼接这个工作,需要将测序的reads切成更小的片段,那么这些片段有数百万至数千万,需要非常大的计算量。如果数据复杂,计算量就更大了。

另外,CPU还需要支持多核心,CPU就是大脑,一个核心就是一个心眼儿,我们都知道心眼越多的人越聪明,多核心就可以进行并行计算。在生物信息分析中,有些工作,可以进行并行计算,相当于原来一个人的工作,现在由100个同样的人来做,理论上速度快了100倍。因此,在硬件配置中,选择CPU是非常重要的。IdcbESt.cOM

2、内存

内存是CPU和硬盘之间数据交流的媒介,计算机需要将存储在硬盘上的数据读取到内存中,CPU才能用来计算,而CPU不能直接读取硬盘上的数据,必须通过内存这个缓冲区。举个例子,CPU是大脑,内存是脖子,脖子以下是硬盘,内存往往就是我们常说的“瓶颈”。

假设一个人的全基因组测序数据,采用二代测序的方法,人的基因组3G,10倍数据30G,那么这30G的碱基,再切成更小的kmer,假设数据增加到了100G,这不算存储序列的一些其它信息,序列拼接的时候必须完成一次将所有数据同时存入内存,如果内存达不到100G,拼接根本无法完成。

3、硬盘

硬盘其实是计算机硬件配置中非常重要的一环,但是硬盘往往容易被大家忽略掉,认为硬盘用来存储数据,只要足够大就行了,这是不对的。

首先大存储量是必须的,因为生物数据往往都称为生物大数据,非常消耗存储空间,包括原始的数据存储,中间分析结果,最终结果,数据备份等,尤其是在样品量大的时候,就会非常占据存储空间,一般都是以T为单位的。

其次,硬盘的读写速度,这个也是非常重要的因素,因为目前CPU计算速度和内存已经足够大了,这样的条件下,硬盘称为限制计算机整体性能的因素。因此使用SSD硬盘会明显改善计算机性能。由于目前SSD过于昂贵,可以选择SSD+机械硬盘的方案,硬盘要做成RAID提高读写速度和数据安全性。

4、显卡

可以选配显卡,但显卡并不是必须的,因为很多分析工作都是文本操作,显卡适合于图形计算,例如计算蛋白质空间结构,构建系统网络等,可以选择配置显卡。

5、不间断电源UPS

UPS相当于一个大的移动电源,为了防止突然断电,导致数据丢失。UPS还是非常重要的。有些生物计算需要持续很长时间,例如拼接一个大的基因组,构建一个大的系统发育数等可能数十天时间,一旦断电,损失非常大,不要心存侥幸心理,灾难往往就发生在那些心存侥幸心理的人身上。IdcbESt.cOM

6、其它

冷却系统,如果是大型计算系统,设备会产生大量热量,需要建设冷却系统。

以上就是关于生信分析服务器配置的建议。

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天下数据生信专用服务器系统的优势

1、硬件:根据用户的计算需求,我们可以提供从工作站到机架式服务器的各种硬件配置,且可以根据您的计算类型,合理配置CPU数目和内存大小,实现硬件资源的最优组合。

2、软件:在基础版中,根据用户需求我们安装了常用生信软件;进阶版中,我们将常用软件封装、串联成分析模块,通过单行命令即可完成很多常规分析内容,如基因表达量计算、突变检测、基因功能注释等,让用户开机即可开始生信数据的分析。

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